Jmol

Jmol
	Jmol programı ile streptavidin'in 3B yapısının gösterimi
Geliştirici	Jmol geliştirme takımı
İlk yayınlanma	2001 (25 yıl önce) (2001)
Güncel sürüm	16.5.1 28 Eylül 2026
Kod deposu	sourceforge.net/projects/jmol
Programlama dili	Java
İşletim sistemi	Çapraz platform
Platform	Java içeren sistemler ve Java içermeyen Web tarayıcılar
Diller	16 dil
	Dil listesi Katalanca, Çince, Çekçe, Danca, Felemenkçe, İngilizce, Fransızca, Almanca, Macarca, Endonezce, İtalyanca, Korece, Portekizce, İspanyolca, Türkçe, Ukraynaca
Tür	Moleküler modelleme
Lisans	LGPL 2.0
Resmî sitesi	jmol.org

Jmol, kimyasal yapıların 3 boyutlu moleküler modellenmesine yönelik bir bilgisayar yazılımıdır. Jmol, bir öğretim aracı olarak veya örneğin kimya ve biyokimya araştırmaları için kullanılabilecek bir molekülün 3 boyutlu temsilini döndürür. Java programlama dilinde yazılmıştır, dolayısıyla Java yüklüyse Windows, MacOS, Linux ve Unix işletim sistemlerinde çalışabilir. GNU Kısıtlı Genel Kamu Lisansı (LGPL) sürüm 2.0 kapsamında yayımlanan ücretsiz ve açık kaynaklı bir yazılımdır.

Popüler bir özellik, molekülleri çeşitli şekillerde görüntülemek için web sayfalarına entegre edilebilen bir uygulamadır. Örneğin moleküller top ve çubuk modelleri, boşluk doldurma modelleri, şerit diyagramlar vb. olarak gösterilebilir.

Ekran görüntüleri

Pyrococcus furiosustan bir H/ACA kutusu RNP'sinin kristal yapısı.
Hemoglobin tetramerindeki iki tuz köprüsü vurgulanmaktadır (hemo grubu sağ altta çubuklar halinde).
Bir DNA parçasına bağlı, ardışık üç çinko parmak motifi oluşturan bir transkripsiyon faktörü TFIIIA parçası.
Thermus thermophilustan öbakteriyel 70S Ribozom.
Jmol üzerinde alfa-amilaz. Asp 300:camgöbeği, glu 233:macenta ve asp 197:sarı renkle gösterilmiş.
Peptit Nükleik Asit (PNA) yapısı

Ayrıca bakınız

Kaynakça

^ "Jmol / Version 16.5 / 16.5.1". 28 Eylül 2026. Erişim tarihi: 28 Eylül 2026.
^ "Jmol translations". 3 Mart 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 6 Eylül 2023.
^ Chen, Jim X. (2008), Springer (Ed.), Guide to Graphics Software Tools, s. 471, ISBN 978-1-84800-900-4
^ Herráez, A (2006), "Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue", Biochemistry and Molecular Biology Education, 34 (4), ss. 255-61, doi:10.1002/bmb.2006.494034042644 , PMID 21638687, 31 Mayıs 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi6 Eylül 2023
^ Herráez, A (2007), Lulu (Ed.), How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1, s. 21, ISBN 978-1-84799-259-8, 6 Eylül 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi6 Eylül 2023